O Departamento de Patologia Veterinária da FCAV localiza-se nos prédios da Patologia (em frente ao campo de futebol da praça de esportes), Microbiologia (ao lado da agência do Santander-Banespa) e no Centro de Pesquisas em Sanidade Animal-CPPAR (acesso pela antiga garagem do campus), ministra aulas para os cursos de graduação em Medicina Veterinária, Zootecnia e Ciências Biológicas no conjunto de disciplinas de Patologia de Animais Domésticos e Selvagens, Ornitopatologia (Patologia de Aves), Parasitologia Veterinária, Microbiologia Veterinária e Imunologia Veterinária. Conta em seu quadro com 15 docentes-pesquisadores especialistas, dos quais dois voluntários, que orientam dezenas de alunos de graduação com bolsas de iniciação científica, residentes em Patologia de Animais Domésticos e Selvagens (R1 e R2) e pós-graduandos em níveis de mestrado e doutorado de vários programas de pós-graduação desta e de outras Instituições.
Para o ensino de graduação conta com vários laboratórios didáticos e de pesquisa, uma sala de necrópsia, museu de Anatomia Patológica, coleção de parasitos, coleção de lâminas para histopatologia, laminário, fichário e blocoteca de casos atendidos na rotina de patologia animal. Esses recursos são aproveitados também pelos Programas de Pós-graduação em Medicina Veterinária (área de concentração: Patologia Animal), Cirurgia Veterinária, Microbiologia, Aqüicultura e Produção Animal. Conta ainda, para uso multidisciplinar, com diversas facilidades multidisciplinares, como o aviário, bezerreiro e canil experimentais, instalações (baias e laboratórios) do CPPAR, laboratórios de pesquisa microbiológica e imunológica, laboratório de biossegurança para vírus aviário e laboratório para bactérias anaeróbias.
O Departamento desenvolve várias linhas de pesquisa nas subáreas de Patologia de Animais Domésticos e Selvagens, Ornitopatologia, Patologia de Organismos Aquáticos, Parasitologia Veterinária, Microbiologia Veterinária e Imunologia Veterinária, vinculadas aos Programas de Pós-Graduação em Medicina Veterinária, (área de concentração: Patologia Animal), Cirurgia Veterinária, Produção Animal, Aqüicultura e Microbiologia.
Finalmente, o departamento dispõe de serviços de atendimento à comunidade nas seguintes especialidades: necrópsia de animais domésticos e selvagens, diagnóstico histopatológico de biópsias e necrópsias, perícia veterinária, diagnósticos bacteriológico e sorológico, orientação para tratamento e profilaxia de bacterioses, atendimento clínico-cirúrgico a animais selvagens junto ao Hospital Veterinário do campus, diagnóstico em ornitopatologia, diagnóstico parasitológico de helmintos, protozoários e artrópodes, orientação em controle de parasitoses, diagnóstico e monitoramento da imunidade pós-vacinal de viroses aviárias, diagnóstico de clostridioses (botulismo, gangrena, manqueira, enterotoxinas, etc.) e teste de medicamentos como quimioterápicos e antibióticos e de imunobiológicos ou vacinas.