O Departamento é responsável pela ministração de disciplinas nos cursos de graduação em Agronomia, Zootecnia e Ciências Biológicas, bem como nos cursos de pós-graduação em Agronomia (Produção Vegetal, Ciência do Solo e Produção e Tecnologia de Sementes), Microbiologia Agropecuária e Zootecnia. Dispõe de dez laboratórios para atender às solicitações de ensino, de pesquisa e da comunidade nas áreas de Biodigestão Anaeróbia e Biomassa, Irrigação, Máquinas e Mecanização Agrícola, Topografia e Fotointerpretação, e Instrumentação, Aquisição e Processamento de Dados.

O Departamento conta com docentes representando a UNESP de Jaboticabal nos Conselhos Municipais de Defesa do Meio Ambiente (COMDEMA), e Defesa Civil (COMDEC), na Estação de Tratamento de Esgotos, no CREA/SP (Câmara de Agronomia) e no Conselho Editorial das revistas Científica e Engenharia Agrícola.

O Departamento de Engenharia Rural sedia a Associação Brasileira de Engenharia Agrícola (SBEA), que conta atualmente com 930 associados, edita bimestralmente a revista Engenharia Agrícola (Qualis B1 - CAPES) e organiza anualmente o Congresso Brasileiro de Engenharia Agrícola (CONBEA), sendo que os docentes deste Departamento compõem tanto a Diretoria Executiva da SBEA como fazem parte do Conselho Editorial da Engenharia Agrícola.