Neste Departamento encontram-se alocadas as disciplinas profissionalizantes de maior importância para a formação de Médicos Veterinários, que por vocação serão Clínicos. Nele concentram-se as pesquisas com os animais de companhia, além daquelas relativas às espécies de produção e esporte, envolvendo as especialidades de: Cardiologia, Dermatologia, Urologia, Análises Clínicas, Anestesiologia, Gastroenterologia, Ortopedia, Oncologia e Oftalmologia, dentre outras. Conta com docentes titulados e em sua grande maioria com estágios de pós-graduação no exterior, o que assegura excelente formação aos alunos nessas áreas.